根據科學家研究發現，人體口腔中的常見細菌約有500～700種，雖然之中有些可以與人體和平共處，但也有某些菌種一旦坐大，便會侵害牙齒及牙周組織的健康，而這些菌種的安樂窩就是惡名昭彰的「牙菌斑」。
想像一下，將器皿靜置在污水中一段時間，器皿表面會形成一層黏黏的薄膜；同樣地，在清潔狀況不佳的口腔中，細菌以食物殘渣、剝落的口腔細胞及唾液中的糖蛋白為養分，黏附在牙齒表面與縫隙內茁壯成淡黃色薄膜狀的菌落，也就形成了所謂的牙菌斑。
口腔中不同部位的牙菌斑各有其不同的菌落，牙釉質齲齒處的牙菌斑以變形鏈球菌為大宗；牙本質齲齒處除了變形鏈球菌外，也常見乳酸桿菌；而牙根齲齒處的牙菌斑則多為放射菌種；牙齦溝處的牙菌斑菌種更多，常見有細梭形桿菌、革蘭氏陰性菌、螺旋桿菌、放射菌等。
新光醫院牙周病科主任陳智龍指出，牙菌斑存在於食物發酵呈酸化的口腔中，一毫克的牙菌斑約有近億個細菌。如果以這麼驚人的數據來估算，那麼口腔衛生習慣不好的人，平時差不多有高達2～10億個細菌在口中伺機而動。
牙菌斑堆積的病變
牙菌斑在牙齒表面、齒縫間堆疊壯大，細菌分泌的毒素還會引發牙齦組織內一連串的免疫反應，造成牙齦、牙周、牙體的病變，甚至引起口腔黏膜及身體其他器官的病變。
1 牙結石
長期沒有被清除的牙菌斑會和唾液內的鈣及其他物質結合，一邊堆積一邊從內側開始變硬，不久之後，就整個變成像石頭般粗糙的牙結石，且成形後，就無法再用牙刷來去除。牙齦底下沈積的牙結石容易造成更多牙菌斑堆積，是造成牙周病惡化的主因，同時也會引發難聞的口臭。
2 牙齦炎
牙根、牙縫容易卡住食物殘渣，往往是牙菌斑群聚壯大的部位。當牙菌斑的勢力變得龐大，便會侵襲鄰近的牙齦組織，造成牙齦紅腫、肥厚，但痛感並不明顯，所以患者在初期多不自覺，有些患者是刷牙時發現牙齦出血，求診牙科後才知道自己患有牙齦炎。此時期若能及早治療，並徹底改善口腔衛生，牙齦炎是有機會痊癒的。
3 牙周病
牙周病是牙齒週圍組織（包含牙齦齒軟組織以及齒槽骨與牙周韌帶）的病變，它會造成牙齦萎縮、腫脹、長膿?、流血，齒縫變大，牙齒搖搖欲墜且咬東西時酸軟無力等。而除了牙齒地基動搖引發的掉牙危機外，另一項令患者困擾的是，牙周病的患者常有牙齦和牙齒間剝離形成囊袋，每每進食後食物殘渣容易掉入囊袋，在其中發酵並助長細菌滋生，而使患者發出濃厚的口臭，有時甚至引發囊袋膿腫、發炎等情形。根據牙醫師公會全國聯合會的調查顯示，台灣9成以上的成年人患有或輕或重的牙周病。
4 蛀牙
牙菌斑內的細菌與黏附在牙齒上的醣類食物作用，產生大量有機酸，破壞牙齒表面的琺瑯質，造成牙齒脫鈣，引發齲齒空洞。小朋友的蛀牙常發生在牙齒咀嚼面，原因在於未能好好刷除掉齒溝上的牙菌斑。牙縫兩側也是一般人容易發生蛀牙的部位，因為刷牙常刷不到這些部位，必須輔助使用牙線或牙間刷才能確實清除。至於牙根蛀牙則多發生在有牙周病的中老年人身上，特別是牙齦萎縮導致牙根外露的部位，若有牙菌斑攀附滋生，再加上唾液變少，往往便會迅速出現齲洞。
5 其他疾病
口腔健康不佳，也會影響全身健康。近年來陸續有醫學研究顯示，牙周病患者發生心肌梗塞與中風的機率是一般人的3倍；孕婦若有嚴重牙周病，發生早產或新生兒體重過輕的機率是一般正常孕婦的7～10倍；口腔衛生狀況不佳或有牙周病的臥床老人，較易罹患吸入性肺炎等。雖然其間的作用機轉還不甚明朗，但相關性的證實已提醒著我們，要遠離這些危險，千萬不可忽視口腔的衛生與健康。
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